A OTCA atua por meio de Eixos Temáticos de Cooperação, que representam as principais áreas de ação conjunta entre os Países Membros.
Cada eixo representa uma área estratégica de ação conjunta, voltada a fortalecer a integração regional, o uso sustentável dos recursos naturais e o bem-estar das populações amazônicas.
Esses eixos são interconectados e refletem a visão integrada da Amazônia — um território diverso e essencial para o equilíbrio ambiental e o desenvolvimento sustentável.
Por meio deles, a OTCA promove políticas regionais coordenadas, o intercâmbio de conhecimento, o fortalecimento das capacidades nacionais e a integração entre ciência, povos e natureza.